Tubuh yang mengecil karena obat APTX 4869 yang diminumkan anggota organisasi berbaju hitam padanya. Ilmuwan yang mengembangkan obat yang menjadi awal dari kisah ini kini muncul di hadapan Conan Edogawa! Ai Haibara, murid pindahan misterius yang meminum APTX 4869 agar tubuhnya mengecil sama seperti Conan. Gadis berpembawaan tenang dan misterius itu memiliki nama kode Sherry di organisasi. …
Seorang aktor cilik meminta bantuan Kogoro untuk mencari ibu kandungnya. Penyidikan menuntun mereka ke sebuah penginapan di sebuah kota. Surat 40 tahun yang lalu ditemukan di kamar profesor Agasa. Dalam surat dari cinta pertamanya yang mengajak untuk bertemu di tempat kenangan setiap 10 tahun, tertulis angka kode yang diperkirakan menunjukkan tempat pertemuannya.
Kakek Jirokichi memenangkan lelang atas lukisan Bunga Matahari karya Van Gogh yang belum pernah diketahui dunia sebelumnya.Namun pameran akbar yang dia rencanakan dibayangi oleh Kid, dan kali ini Kid tak ragu memebahayakan nyawa orang lain.