Kaiju adalah kisah tentang menggapai impian, di saat seseorang merasa dirinya tidak cukup baik untuk mewujudkannya.
Komik karya Naoya Matsumoto ini berkisah tentang perjalanan hidup Kafka Hibino di dunia yang bersetting post-apocalyptic. Di Jepang saat itu, monster yang disebut sebagai Kaiju sering menyerang penduduk sehingga Pasukan Pertahanan Jepang ditugaskan untuk membunuh mereka.

Setelah kota mereka dihancurkan oleh Kaiju ketika mereka masih kecil, Kafka Hibino dan Mina Ashiro bersumpah untuk menjadi anggota Pasukan Pertahanan. Mina telah menjadi komandan Pasukan Pertahanan yang terkenal, tetapi Kafka yang sudah berusia 32 tahun berkali-kali gagal dalam ujian dan menjadi anggota kru pembersih “Monster Sweeper Inc.,” yang tugasnya adalah membersihkan bangkai monster setelah pertempuran.

Kafka terjebak dalam pekerjaan yang sama sekali tidak sesuai dengan tujuan hidupnya. Kisah awal komik ini tidak hanya berfokus pada perjuangan pribadi Kafka karena gagal mencapai impiannya yang tinggi untuk melawan Kaiju, tetapi juga upaya yang diperlukan untuk mengembalikan kehidupan normal setelah serangan Kaiju.

Eksistensi Kafka yang “terjebak” ditantang oleh Reno Ichikawa, anak muda berusia 18 tahun yang melamar untuk menjadi anggota Pasukan Pertahanan, sama seperti Kafka. Namun Reno masih memiliki tekad untuk berhasil, sesuatu yang telah lama tak dimiliki Kafka. Walaupun pada awalnya mereka berselisih, kehadiran Reno dan serangan Yoju (monster kecil yang biasanya mengikuti Kaiju) memaksa Kafka untuk mengakui pada dirinya sendiri bahwa dia tidak mungkin puas dengan kehidupan yang dia jalani sekarang.

Setelah Kaiju kecil masuk ke mulutnya, Kafka memperoleh kemampuan untuk berubah menjadi monster yang dijuluki "Kaiju No. 8" oleh Pasukan Pertahanan. Kafka tetap sadar sepenuhnya saat berubah wujud, namun memiliki kekuatan manusia super, dan menjadi Kaiju pertama yang melarikan diri dari Pasukan Pertahanan.